Ponad siedemnaście godzin po ataku, o 4:50 nad ranem, kapitan Ariga otrzymał ostatecznie rozkaz zatopienia Akagi. Każda z jednostek 4. Dywizjonu Niszczycieli miała odpalić do niego po torpedzie z dystansu pomiędzy 1000 a 1500 metrów. Niszczyciele Nowaki, Hagikaze i Maikaze zajęły miejsca w szyku torowym za flagowym niszczycielem Arashi i ich formacja zbliżyła się do lotniskowca od rufy, po czym z prędkością dwunastu węzłów przeszła wzdłuż jego lewej burty. Każdy z niszczycieli oddał jeden strzał torpedowy, podobnie jak zwykli to robić żołnierze tworzący pluton egzekucyjny. Potem zespół przeszedł przed dziobem Akagi i skierował się na północ, żeby dołączyć do Nagumo. Dwie albo trzy torpedy trafiły, wyrzucając wielkie kolumny wody. Gdy opadły, stłoczeni przy relingach ludzie mogli dostrzec, że dziób lotniskowca zaczął się zanurzać, jakby dumny okręt składał poddańczy hołd oceanowi.

Gdy pokład dziobowy zniknął pod falami, ludzie na niszczycielach wznieśli okrzyk "Banzai! Akagi banzai!" O godzinie 5:20 najsłynniejszy japoński lotniskowiec uniósł na moment rufę, ukazując wielkie śruby, po czym osunął się w głębinę "niczym wciągnięty przez gigantyczną dłoń" (jak określił to dowódca niszczyciela Maikaze), zabierając ze sobą ciała 267 poległych. Moment później pozostała po nim na powierzchni tylko kipiel uciekającego jeszcze z wraku powietrza.